สำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดกระบี่ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ.2545  ตามพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545  และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2545 ประกอบกับ คำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ที่ 182/2547 ลงวันที่ 25 มิถุนายน พ.ศ. 2547  ให้จัดตั้งหน่วยงานภายในสำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัด ซึ่งเป็นหน่วยงานราชการบริหารส่วนภูมิภาค ในสังกัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2545 และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวด ล้อม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2547 จึงให้จัดตั้งหน่วยงานภายในสำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัด ภายใต้การบังคับบัญชาของทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัด โดยมีองค์ประกอบและหน้าที่ความรับผิดชอบตามที่สำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมกำหนด